エクメルンのテンプレートで、使わない列を削除してもいいですか?

はい、削除して大丈夫です。

メールアドレスだけのリストが手元にあって、本文中に何も差し込まずシンプルにメールを配信するだけの場合、テンプレートにある「名前」列(B 列)から「ひと言あいさつ」列(D 列)までを削除して OK です。

なお、「名前」列・「会社名」列・「ひと言あいさつ」列を削除した Excel ファイルをエクメルンが読み込むと、その読み込み結果画面でこれらの列が表示されますが、データは何も入っていません。そのため、これらの列(B 列から D 列)を無視して、次へと進む [日時] をクリックして大丈夫です。